L’attività didattica programmata si articola in 40 corsi di dottorato che coprono gli ambiti di ricerca del collegio docenti; al primo e al secondo anno di corso i dottorandi, di concerto con il supervisore, dovranno scegliere tra gli insegnamenti proposti quelli più idonei al loro percorso formativo e di ricerca (per un totale di 18 CFU al primo anno e di 18 CFU al secondo anno). A questi corsi si aggiungono cicli di seminari nonché insegnamenti nell’ambito di scuole specialistiche nazionali e internazionali (8 CFU in ciascuno dei tre anni di corso).
Altre attività didattiche (seminari, attività di laboratorio e di ricerca, formazione interdisciplinare, multidisciplinare e transdisciplinare)Seminari di ricerca e cicli di seminari, tenuti da docenti del collegio, da docenti esterni afferenti alle tre sedi universitarie convenzionate, e anche da professori visitatori, saranno offerti ai dottorandi. Queste attività saranno per i dottorandi l'occasione per confrontarsi con il mondo della ricerca scientifica e sviluppare nuove interazioni. A queste attività si affiancheranno workshop su tematiche più specifiche organizzati nelle tre sedi universitarie.
L'università di Messina ha un Centro Linguistico e una piattaforma informatica, "Rosetta Stone" per l'acquisizione di competenze linguistiche anche avanzate. Inoltre, alcuni corsi di dottorato, specie se frequentati da dottorandi stranieri, saranno erogati in inglese. L'acquisizione di certificazioni linguistiche avanzate è incentivata anche alla luce del fatto che la tesi di dottorato sarà redatta in lingua inglese.
Si prevedono attività formative di inizializzazione informatica,finalizzate all’acquisizione di abilità nell'utilizzo di linguaggi di composizione tipografica (LaTeX) per la preparazione di testi scientifici e nell'uso di software avanzato di calcolo scientifico (CoCoA, SageMath, Reduce, Matlab, Mathematica, Maple).
Si prevedono seminari specialistici da parte di esperti del settore inerenti la gestione della ricerca a livello nazionale ed internazionale, il coordinamento di gruppi di ricercatori e le modalità di ricerca dei canali di finanziamento nazionali ed internazionali al fine di fornire ai dottorandi le giuste abilità per la compilazione di progetti di finanziamento anche internazionali.
Si prevedono seminari specialistici inerenti la valorizzazione dei risultati della ricerca e della proprietà intellettuale. Saranno svolti da docenti coinvolti in esperienze di ricerca nazionale ed internazionale, nonché da personale docente e/o funzionari delle strutture di Ateneo operante nel campo dell'attrazione di risorse e della valorizzazione della proprietà intellettuale. Tale attività favorirà la partecipazione dei dottorandi a seminari ed eventi culturali sia in Italia che all'estero. Personale del Servizio Bibliotecario di Ateneo terrà periodicamente dei seminari sul fenomeno in espansione dell'Open Access.